Las actividades de investigación que actualmente se desarrollan pretenden obtener una visión integral de la biodiversidad marina de la región de Zihuatanejo y generar información para su conservación y manejo sustentable. Se consideran tres líneas de investigación:
1. Ecología de comunidades litorales.
2. Biología y sistemática de organismos marinos.
3. Patrones regionales de la biodiversidad.