Este eje rector se enfoca a la planeación estratégica de la conservación y al diseño e implementación de protocolos de monitoreo de la biodiversidad marina de la región de Zihuatanejo. Esto implica identificar, evaluar y establecer prioridades de conservación de esta zona costera-marina, para definir un amplio curso de acción de soluciones necesarias y emprender actividades adecuadas y viables, acordes a este contexto regional.
Como punto de partida las acciones se ha enfocado en dos de sus principales ecosistemas, los arrecifes coralinos y el intermareal de costa rocosa, los cuales están siendo sometidos a serios impactos derivados del desarrollo urbano del municipio de Zihuatanejo, sobreexplotación de recursos y a prácticas turísticas inapropiadas.